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匿名組合営業者に法人税等が課されますが、匿名組合契約に基づき匿名組合員に分配すべき利益の額または負担させるべき損失の額は、営業者において損金の額または益金の額として計上することができます。
一定の要件を満たすことを前提に、投資家に対する利益の配当を損金の額に算入することができます。また、土地等の取得にかかる流通税について一定の軽減措置を受けられます。ただし、特定目的会社を再生可能エネルギー事業の運営主体あるいは資産保有会社として用いるには、資産流動化法上の観点から検討を行う必要があります。
通常の減価償却資産と同様に、原則として税法上の法定耐用年数に基づき定額法または定率法により減価償却限度額を計算します。一定の資産については、いわゆるグリーン投資減税により、その事業の用に供した日を含む事業年度において特別償却(即時償却含む)が認められる可能性があります。
会計上計上された減損損失については、一定の要件を満たさない限り、税務上、損金の額に算入することはできません。
事業を行うに当たり借地権を設定する場合、借地権の態様(借地権の取引慣行がある地域か否か等)により、税法上の取扱いが異なる可能性があります。
電気供給業に該当する場合、所得割ではなく収入割(収入金額)により事業税が課されます。その場合、地方法人特別税は、事業税の標準税率の81%とされています。
通常の1.4%の税率により課税されます。認定発電設備(一定の再生可能エネルギー設備)で2014年3月31日までに取得したものについては、3年間課税標準が3分の2とされます。